Insilico-Neurekonstruktion zellulärer Netzwerke

Falls Ihr gewünschter Organismus noch nicht in unserer Modellbibliothek enthalten ist, bietet Ihnen Insilico die Neurekonstruktion eines Modelles für diesen Organismus unter Einbeziehung genomischer Daten an. Die Netzwerkrekonstruktion beinhaltet verschiedene unabhängige Schritte zur Sicherstellung der Richtigkeit und Funktionalität einzelner Reaktionsschritte, kompletter Reaktionswege sowie des kompletten Modells.

Sowohl Transkriptom- als auch Proteom- und Metabolom-Daten können in das Netzwerkmodell integriert werden. Diese experimentellen Daten werden zur Validierung der gemachten Vorhersagen (z. B. Effekte von Genmodifikationen oder stratifizierten Effekte einer Medikamentendosierung) genutzt. In jedem Fall erlaubt Insilicos vertieftes Verständnis zellulärer Prozesse unseren Kunden, Hypothesen nicht nur in quantitativer Hinsicht, sondern auch bereits in frühen Entwicklungsphasen zu testen.

Service Workflow Neurekonstruktion zellulärer Netzwerke Sehen Sie, welche Daten benötigt werden und welche Ergebnisse damit erzielt werden

Zur Rekonstruktion eines neuen prädiktiven Netzwerkmodells nutzt Insilico einen kosteneffizienten zweiteiligen Workflow, der Ihre Wünsche optimal berücksichtigt.

I. Neurekonstruktion eines Modells

Sämtliche intrazellulären Reaktionen eines gegeben Zelltyps werden in ein Gesamtzell-Netzwerkmodell eingefügt und auf den jeweiligen genetischen Hintergrund des Zelltyps von Interesse zugeschnitten. Hierzu kombiniert Insilico Informationen aus öffentlichen Datenbanken, Primärliteratur und, wenn gewünscht, firmeneigene Informationen. Jedes Modell wird manuell kuriert und einer Reihe von Tests unterzogen, die die Funktionalität des Modells sicherstellen.

Input: Annotiertes Genom, spezifische Zelllinieneigenschaften, typische Medien und Wachstumskonditionen
Ergebnis: Genombasiertes Netzwerkmodell

II. Modellverifizierung

Das Netzwerkmodell wird durch Kontrollsimulationen verifiziert, die gewährleisten, dass experimentell beobachtete Phänotypen gut beschrieben werden können. Dies umfasst sowohl mögliche Substrate wie auch Produkte und Nebenprodukte sowie deren Ausbeuten.

Input: Beschreibung experimentell beobachteter Phänotypen
Ergebnis: Verifiziertes Netzwerkmodell

Das verifizierte Netzwerkmodell kann anschließend für Zelllinien-Engineering und Prozessoptimierung oder für das Testen von Medikamenten eingesetzt werden.